南京体院纪委、监察处、审计室三部门合署办公，在院党委的直接领导下，负责贯彻执行国家的方针、政策、法律、法规；指导、监督、检查学校各级党组织开展纪律检查工作；协助党委抓好学校的党风廉政建设和反腐败工作。现有工作人员5名。
纪委的主要任务是维护党的章程和其他党内法规；检查党的路线、方针、政策和决议的执行情况；协助党委加强党风建设和组织协调反腐败工作；对党员领导干部行使权力进行监督；检查和处理党的组织和党员违反党的章程和其他党内法规的比较重要或复杂的案件，决定或取消对这些案件中的党员的处分；受礼党员的控告和申诉；保障党员的权利。
监察处受理监察对象违法违纪行为的检举和控告；调查、处理监察对象的违法违纪行为和案件；受理监察对象不服行政处分的申诉，以及法律、法规规定的由监察处受理的其他申诉；参与对监察对象的考核和评议工作。
审计室负责宣传国家的审计法规，做好学校的内部审计工作；协助有关部门调查处理严重侵害国家和集体财产、违反财经纪律的案件。
